Слезы Себека
Задание начнется автоматически, когда прибудете в Крокодилополис. Поговорите со жрецом у храма. Идите в бассейн, где живёт крокодил, он не будет атаковать вас. Используйте импульс Анимуса, чтобы исследовать местность. Найдите кровь на лестнице и жидкость за решеткой. Её видно, но чтобы пройти нужно найти другой путь. Идите по следам крови от лестнице к колодцу, и прыгайте туда. Внизу найдете одежду жреца в крови.
Идите по следу наружу. Там будет труп и враждебный крокодил. С трупа вы заберете письмо, где будет имя виновника болезни крокодила-альбиноса.
Отправляйтесь в порт Нериона, чтобы убить Мелину. Чаще всего она ходит по базе, но может случится так, что она будет на западе порта. Отметьте с помощью Сены всех врагов. В ней лучше всего пробираться со стороны воды, поэтому к порту лучше прибыть на лодке. Убейте Мелину и заберите с тела письмо, после чего возвращайтесь к жрецу в храме для завершения задания.
Победитель
На улицах города, недалеко от арены, вы увидите, как старика избивают молодые. Вмешайтесь и узнаете его историю. Вам придется победить молодого бойца в рукопашном бою. После драки следуйте за стариком. Он приведет вас к следующему бою, который начнется, когда вы ещё раз поговорите со стариком. После боя старик попросит вас о встрече ночью, на маяке.
Идите на маяк, на самый верх. Медитируйте, если пришли днём. Прыгайте в стог сена и говорите со стариком. Он предложит побегать на перегонки, где его несложно победить. После забега он отведёт вас в бордель для очередного заказа. Там вас ожидает финальный рукопашный бой с группой соперников. После боя будет финальная катсцена и конец задания.
Людоед
На маленьком острове, к западу от города, живет старик. Поговорите с ним. После разговора отправляйтесь в зону исследования, и используйте импульс Анимуса, чтобы найти улики. Ищите корзину с приманкой, разбитые кувшины и плоть у кувшинов на берегу. Идите к пирсу. Поговорите с мальчиком, после чего берите лодку и плывите по кровавому следу. Чтобы найти вход в пещеру, используйте Сену.
Ныряйте и плывите сквозь куски человеческий тел. В пещере будет крокодил, которого надо убить. После боя используйте импульс, чтобы подсветить полусъеденный труп. Также найдите заключенного, который расскажет, что за всем стоит бальзамировщик.
Возвращайтесь в город, и на площади вызовите Сену, чтобы отметить цель. Отметьте его и задание завершится.
Пасть бога-крокодила
На востоке от города небольшой островок. У одного из домов под порогом - кровь. Дверь заперта, поэтому чтобы протий внутрь залезьте на крышу, а оттуда прыгайте внутрь. Чтобы искать улики используйте импульс Анимуса. Осмотрите золото, подвешенных крокодилов и мумии крокодилов. Выходите из дома и заметите, что солдаты издеваются над человеком. Придите ему на помощь. После освобождения поговорите с ним.
Отправляйте Сену искать цель - корабль, который выходит из порта Нерион на маршрут в противоположный берег. На лодке подплывите к задней части корабля. Действуйте скрытно. Самым очевидным будет приманить солдат свистом к себе, и стянуть в воду. Теперь заходите на корабль и идите к столу за уликами, изучите записи.
Далее следуйте в лагерь. Доберитесь сами, или плывите на корабле, он отвезет вас. Там вызовите Сену и отметьте врагов. Старайтесь передвигаться скрытно, используйте высокую траву, в первую очередь устраняйте лучников на возвышенностях. Доказательства в палатке капитана. Чтобы пройти это место скрытно, лучше сначала устраните двух телохранителей капитана, а затем и его самого. Так вы сможете спокойно изучить документы и мумии крокодилов, и завершить задание.
Предательство
После выполнения задания Пасть бога-крокодила, поговорите со жрецом Падиасетом. Вы решите, что пора убить Сехетепа и положить конец его культу. Идите к храму и используйте Сену, чтобы найти цель. Залезьте на стены и идите к цели так. Совершите убийство сверху, убедившись, что падаете на злого жреца, а не солдата. Далее можете разобраться с самим солдатом. Идите из храма к Педиасету, чтобы закончить задание.
Покой Шадьи
После того, как выполните основное задание Пасть Крокодила, вернитесь в Филадельфию, и поговорите с друзьями Хотефресом и Хенут. На втором этаже виллы будет Хотефрес, следуйте за ним к Хенут. Она будет у усыпальницы их дочери, на берегу озера. Чтобы подбодрить её, Байеку нужно перо цапли. Если у вас его нет, с помощью Сены отметьте место обитания птиц и добудьте.
Отдав перо Хенут вступиться за фермера, которому угрожает солдат Птолемея. Когда он уйдёт, Байек решит убить его, так как он ещё вернется. Вызовите Сену и отметьте капитана и ещё двух солдат, которые направляются в лагерь. Передвигайтесь в высокой траве, чтобы устранить цель скрытно. С тела капитана заберите эмблему форта.
Вернитесь к друзьям и отдайте им эмблему.
Борьба за Файюм
После выполнения задания Покой Шадьи поговорите с Хотефресом и Хенут. Далее идите в поля, и помогите крестьянину закончить работу. Подожгите три стога и ещё раз поговорите с крестьянином - он согласиться на восстание. Возвращайтесь на виллу. Ваш разговор с Хотефресом прервут солдаты. Спуститесь и убейте их. Поговорите с друзьями после боя.
Садитесь на лошадь и следуйте за Хенут в Ном Хауэрис, для встречи с мятежниками. По прибытию узнаете, что их предводитель схвачен. Чтобы освободить его отправляйтесь на дамбу Клейтры. Там отметьте Сену всех врагов и обязательно установите ловушку на жаровне. По пути к клетке лидера убейте как можно больше врагов, так как как только он выберется, сразу будет искать бой.
Далее вместе с мятежниками штурмуйте башню капитана. Зачищайте местность и остерегайтесь филака, которого может приманить звук боя.
По прибытию к крепости Бубастис вызовите Сену, чтобы отметить всех врагов и найти командира. Здесь вы снова можете действовать скрытно. Старайтесь держаться так по крайней мере до убийства командира. Его можно убить убийством сверху, если он будет в помещении с отверстием в потолке.
После убийства возвращайтесь на виллу к Хотефресу и Хенут для завершения задания.