Как очистить участок ?

Стандартными методами никак. Есть мод на скрытие объектов. Он назывался Map Objects Hider или как-то так. Использование простейшее: подходишь к "ненужному" объекту, появляется появляется надпись "скрыть объект *название* " и подсказка, какую кнопку нажать. Скачать мод можно было через раздел с модами в меню игры.

Giants Editor им можно редактировать карты. Но я хрен его знает как это делать. Эт прям заморочиться надо.