Действие Beyond Good & Evil разворачивается на планете Хиллия, которую на протяжении веков терроризируют безжалостные пришельцы. Но местные власти не торопятся противостоять захватчикам, а вместо этого плетут заговор за заговором.
Главная героиня, репортёр Джейд, решает во что бы то ни стало докопаться до истины. Вооружившись лишь фотоаппаратом и посохом, она присоединяется к подпольному движению Сопротивления. Джейд предстоит раскрыть чудовищные правительственные секреты и столкнуться лицом к лицу с настоящим злом.
Игровой процесс сочетает элементы экшена и стелса. Игроку предстоит прокрадываться в запретные зоны, взламывать секретные терминалы, сражаться с охранниками при помощи посоха дай-дзе и командных комбо.
По мере продвижения по сюжету персонаж получает новые умения, улучшает экипировку и раскрывает всё больше подробностей о заговоре пришельцев с правительством Хиллии.
Главное оружие Джейд — её смелость, находчивость и стремление открыть людям глаза на правду.