Действие Crysis 2 разворачивается в 2023 году, спустя 3 года после событий первой части на острове Лингшан. Конфликт США и Северной Кореи не стал достоянием общественности, как и столкновение и тех, и других с инопланетянами — цефалоподами, или цефами. В Нью-Йорке разразилась эпидемия неизвестного вируса (названный Манхэттенским вирусом), имеющего, по слухам инопланетное происхождение, и ЧВК C.E.L.L., частный военный подрядчик «Харгрив-Раш» и дочерней ей компании CryNet, создавшей нанокостюмы, пытается сохранить порядок.
Игра начинается с того, что подлодка с морскими пехотинцами США плывет по Гудзону. Среди них протагонист и главный герой второй части — морпех с позывным Алькатрас (настоящее имя, Джеймс Родригес, раскрывается в новеллизации игры Crysis: Легион). Подлодку атакуют пришельцы. Почти весь экипаж подлодки был убит, а Алькатраса же, спасает солдат в нанокостюме с позывным Пророк. Его слова: «Алькатрас? Так тебя зовут? Алькатрас… Судьба злая тетка… Потерпи, сейчас мы тебя оденем…». Далее Алькатрас теряет сознание. После этого, главный герой просыпается уже в нанокостюме. Недалеко от места, где Алькатрас очнулся, он обнаруживает тело своего спасителя. Далее включается запись, сохраненная в костюме, в которой Пророк рассказывает о том, что сам заражен, и о важной миссии, которую он теперь передает Алькатрасу, равно как и нанокостюм. Затем Пророк убивает себя выстрелом в висок. И сразу становится ясным первое задание новоиспеченного суперсолдата — найти Нейтана Гулда, учёного, вместе с Пророком нашедшего способ победить цефов. После ролика Гулд связывается с Алькатрасом, но, ничего не зная о кончине своего друга, Нейтан считает Алькатраса Пророком (сам Алькатрас не отвечает ему). Он дает Алькатрасу координаты своей лаборатории.
Ну наконец то нам рассказали о чём был Crysis2.