Знаменитые сантехники Марио и Луиджи отправляются в морское путешествие. Покинув привычные земли Грибного королевства, братья поднимают паруса своего корабля и устремляются навстречу неизведанным островам и таинственным берегам.

Игрокам предстоит управлять кораблём, лавируя между живописными архипелагами, разгадывая морские загадки и сражаясь с пиратами глубин. Ключевой особенностью геймплея является механика «братской связи» — чем лучше игроки координируют действия Марио и Луиджи, тем эффективнее становятся их совместные атаки и специальные приёмы.

По мере продвижения по сюжету, братья будут встречать как новых персонажей, так и старых знакомых. Каждая встреча не только обогащает историю, но и открывает новые возможности для геймплея — от уникальных заданий до специальных способностей, которые можно использовать в бою и при исследовании мира.