Безымянный протагонист — андроид — приходит в себя в незнакомом мире. К нему обращается некий «глас божий», называющий себя Элохимом, который сообщает игроку, что именно он создал этот мир и самого героя. Теперь по его наказу робот должен исследовать этот мир в поисках сигилов, каждый из которых скрыт в различных головоломках, чтобы постичь просветление и «принести славу себе и роду своему». Вскоре андроид обнаруживает в центре мира огромную Башню, верхушка которой скрывается высоко за тёмными облаками. Элохим воспрещает герою забираться на эту башню под угрозой смерти.
По мере того, как робот исследует окружающие локации, он находит многочисленные сообщения от других, схожих с ним созданий, которые ранее путешествовали по этому миру. Какие-то из них ставили под сомнение окружающую реальность и слова Элохима, а какие-то были убеждены в его правоте и божественности. Он также обращает внимание на некие странные явления, такие как мерцающие время от времени и изменяющиеся элементы окружения и архитектуры, наводящие на мысли о том, что всё вокруг — отнюдь не настоящий, а виртуальный мир, что со временем подтверждается другими сообщениями и знаками. Андроид находит острова с Посланниками — такими же, как он, андроидами, которые преданно служат Элохиму тем, что оказывают помощь «достойным» (тем, кто смог разбудить их) в решении особо сложных головоломок. В повсеместно встречающихся компьютерных терминалах протагонист находит различные документы, тексты, переписки и электронные письма из гигантского Архива знаний, из которых он узнает о том, какая участь постигла людей. Оказывается, в прошлом человечество оказалось заражено смертельным древним вирусом, который миллионы лет находился в стазисе в районах вечной мерзлоты и пробудился после глобального потепления, сокращая жизнедеятельность зараженных и приводя их к потере рассудка перед смертью. Этому вирусу были подвержены только приматы. Не в силах найти средство против болезни, группа исследователей из Института Эмпирической Ноэматики в последнем порыве решила собрать и сохранить всю накопленную человечеством информацию и знания в надёжных компьютерных банках памяти, до того, как вирус окончательно уничтожит цивилизацию. В дополнение к этой информации, в терминалах андроид сталкивается с неизвестным созданием, сортировочной программой, представляющейся Милтоном, которая вступает с героем в философские споры о природе жизни, разуме и убеждает воспротивиться воле Элохима и его словам.
После того, как андроид собирает все сигилы, Элохим предлагает герою шанс присоединиться к нему, однако Башня (не без помощи Милтона) продолжает манить игрока своей таинственностью, что подкрепляется остальными спрятанными сигилами, словно специально ведущими вглубь Башни. В конце концов игроку самому предоставляется выбор, как закончить игру. Если игрок решает присоединиться к Элохиму, ведомый обещаниями вечной жизни, он оказывается перемещён в самое начало игры в качестве нового андроида, вынужденный заново проходить весь цикл. Если игрок находит все сигилы и решает узнать, что скрывается в глубине Башни, не поднимаясь на неё, ему предоставляется возможность стать одним из Посланников, дабы помочь другим игрокам. Если же игрок не слушается Элохима и поднимается на верх Башни, он узнает, что весь этот мир является компьютерной симуляцией, тестовым полигоном для постоянного регенерирующихся версий искусственного интеллекта, участвующих и развивающихся в процессе решения головоломок, в попытке создать идеальный, разумный ИИ, способный показать проявления изобретательности и независимости, собственной воли в противодействии Элохиму, что подстёгивалось Милтоном. Элохим приходит в негодование и предупреждает героя, что если тот будет продолжать своё восхождение, весь мир будет уничтожен. На верхних уровнях башни встречаются два других андроида, Shepherd (Пастырь) и Samsara (Самсара), которые также смогли взобраться на Башню, но не продвинулись дальше. Shepherd пытается всячески помочь главному герою пройти дальше, в то время как Samsara мешает ему.
Пройдя заключительный этап и вознесясь на самый верх Башни, протагонист оказывается в месте, похожем на Рай — белоснежные облака и золотые врата, за которыми обнаруживается последний терминал с программой, которая действовала от имени Элохима и пыталась помешать как игроку, так и другим ИИ подняться на Башню. Элохим признаётся, что это и было конечной целью симуляции и означает уничтожение всего мира и его обитателей. Милтон уговаривает протагониста импортировать в свою память накопленные им знания — всю ту информацию, что человечество успело собрать и сохранить перед своей смертью в Архиве. После этого игрок запускает процесс переноса, мир симуляции начинает разрушаться, а объединённые данные главного героя и Милтона отправляются в реальный мир, где загружаются в реального робота, созданного в рамках проекта «Extended Lifespan» (с англ. — «Удлинённая жизнь») по сохранению человеческих знаний. Андроид пробуждается в здании комплекса и выходит в настоящий мир, лишённый человечества.
